癌細胞往往有一個共同特征，那就是基因組中染色體或基因的拷貝數發生改變，這種現象稱為拷貝數改變（CNA）。在同一腫瘤內，不同部位的細胞可能攜帶不同的CNA。攜帶很多CNA的腫瘤通常具有很強的侵襲性，即使積極治療，也往往會頻繁重組。

如今，卡羅林斯卡研究所生命科學實驗室的研究人員開發出一種名為CUTseq的方法，能夠評估同一腫瘤內不同部位的CNA數量和類型。它的成本遠遠低于現有技術。

 Nicola Crosetto表示：“我希望CUTseq在癌癥診斷中大顯身手。為了鑒定需要更積極治療的高度異質性腫瘤患者，如今在診斷過程中越來越多地采用多區域腫瘤測序。我相信我們的方法可以在這方面發揮主導作用。”

 目前，對基因組DNA進行大規模并行測序的策略是在文庫制備的最后幾步添加索引。由于每個樣品都必須單獨生成一個文庫，文庫制備過程就顯得既昂貴又耗時。CUTseq這種新方法利用限制性核酸內切酶和體外轉錄，在構建文庫之前就標記和擴增基因組DNA。

 據介紹，這種方法用獨特的分子條形碼來標記從同一腫瘤樣本的多個區域提取出的DNA，這樣人們僅僅需要一次測序實驗，就能全面了解腫瘤內的CNA異質性。它不僅適用于細胞系，也適用于FFPE樣本。

研究人員隨后分析了FFPE腫瘤切片中多個小區域的DNA拷貝數水平，發現某些區域含有大量的CNA。這些結果凸顯了CUTseq在評估腫瘤內遺傳異質性方面的作用。

 作者表示，CUTseq的應用不僅僅限于癌癥診斷。“例如，CUTseq可作為細胞系鑒定的平臺，也可以監控大型細胞庫或生物樣本庫的基因組穩定性，”另一名通訊作者Magda Bienko說。“它還可以作為RAD-seq的替代方法，以更加經濟高效的方式評估生物多樣性。”