[所屬分類:新聞動態] [發布時間:2019-10-21] [發布人:] [閱讀次數:] [返回]

山東拓普(pu)生物(wu)工程有限公司

Shandong Tuopu Biol-Engineering Co.,Ltd

還記得我們在中學(xue)生(sheng)物(wu)學(xue)中學(xue)到的領域，王國，門，階級，秩(zhi)序，家庭(ting)，屬(shu)，物(wu)種(zhong)和達(da)爾文(wen)的生(sheng)命樹隱喻嗎(ma)?這(zhe)種(zhong)描述生(sheng)命事物(wu)譜系的方(fang)式，是科(ke)學(xue)界對基(ji)因如何隨著時間發生(sheng)突變和分裂以將事物(wu)改變為如今的狀態(tai)所做(zuo)的最好猜測。

隨著科學越來越擅長識別蛋白質和基因的變化，將生(sheng)物重新分類(lei)(lei)為另一個屬并(bing)不少見。例如，最近，各種細菌，植物和珊瑚的分類(lei)(lei)法發生(sheng)了變化。

如果您(nin)(nin)可以(yi)建立一(yi)個更(geng)(geng)好的進化(hua)變(bian)化(hua)模型，盡管它(ta)可能不是100%準確(que)(考慮到復雜(za)的生物體已經進化(hua)了(le)數(shu)十億年)，卻能為您(nin)(nin)提(ti)供比以(yi)往更(geng)(geng)清晰的圖景?

克里斯汀Naegle，副教授生(sheng)物醫學工程和計(ji)算機科學在弗吉尼亞大(da)學工程學院和UVA的居民教員公共衛生(sheng)基因(yin)組中心，和她的前博士當時的學生(sheng)羅曼·斯洛(luo)特(te)斯基(Roman Sloutsky)現(xian)在是麻省大(da)學阿默(mo)斯特(te)分校的博士后研究(jiu)員。他們(men)的工作展示(shi)了如何構建(jian)模型來比以(yi)往任何時候都更準確地重(zhong)建(jian)進化變化，這(zhe)為了解疾(ji)病(bing)在人體中的工作方(fang)式帶來了突破。

他們(men)的(de)論文“ ASPEN，一種使(shi)用整體(ti)模型重建蛋白質(zhi)進化的(de)方法，”在10月17日星期四(si)發表(biao)在eLife雜(za)志上(shang)。ASPEN代表(biao)“通過蛋白質(zhi)進化子采樣(yang)的(de)準確(que)性”。他們(men)的(de)研(yan)究突(tu)出了UVA在生物醫學(xue)數據科(ke)學(xue)中(zhong)的(de)優勢(shi)。

Naegle說：“當今使用的(de)(de)(de)大多數蛋白質進化模(mo)型(xing)可(ke)能是錯誤的(de)(de)(de)。”“我們現(xian)在有一種方法可(ke)以探究這些模(mo)型(xing)，并詢問我們如(ru)何使用正確的(de)(de)(de)模(mo)型(xing)來構建更好的(de)(de)(de)模(mo)型(xing)。這是重(zhong)要(yao)的(de)(de)(de)一步。”

為(wei)了更好地理(li)解他(ta)們在建模(mo)演(yan)化變化方(fang)面工(gong)作的(de)(de)(de)(de)復(fu)雜性，Naegle提供了一(yi)(yi)個(ge)(ge)類(lei)比(bi)：“如果我要(yao)(yao)求(qiu)您預測某人(ren)(ren)在舊金山和紐約之(zhi)(zhi)間走的(de)(de)(de)(de)路(lu)線，那(nei)將是(shi)一(yi)(yi)個(ge)(ge)模(mo)型(xing)。但是(shi)如果我要(yao)(yao)求(qiu)1,000個(ge)(ge)人(ren)(ren)給(gei)我一(yi)(yi)個(ge)(ge)人(ren)(ren)走哪條(tiao)路(lu)線的(de)(de)(de)(de)預測，那(nei)么這條(tiao)路(lu)線在1000人(ren)(ren)中共(gong)享最多的(de)(de)(de)(de)部分(fen)就(jiu)很可能(neng)是(shi)真實(shi)的(de)(de)(de)(de)，這是(shi)因(yin)為(wei)大多數人(ren)(ren)可能(neng)都認(ren)為(wei)，兩個(ge)(ge)城(cheng)市之(zhi)(zhi)間的(de)(de)(de)(de)特定高速(su)公(gong)路(lu)是(shi)最有(you)效的(de)(de)(de)(de)要(yao)(yao)走的(de)(de)(de)(de)路(lu)，這樣高速(su)公(gong)路(lu)的(de)(de)(de)(de)那(nei)部分(fen)就(jiu)會有(you)很大的(de)(de)(de)(de)分(fen)量或(huo)概率。

“如(ru)果(guo)我(wo)(wo)發現在這(zhe)(zhe)1000條路(lu)線(xian)中(zhong)(zhong)沒有人達成任何(he)協議，那(nei)將告訴我(wo)(wo)，我(wo)(wo)對任何(he)一(yi)種模型的準確(que)性都(dou)沒有信(xin)心。相(xiang)反(fan)，如(ru)果(guo)每個(ge)(ge)人都(dou)對路(lu)線(xian)的絕大部(bu)分或大部(bu)分達成共識，我(wo)(wo)非常(chang)有信(xin)心在這(zhe)(zhe)兩個(ge)(ge)點之間必須有一(yi)種最佳(jia)的旅(lv)行方式，我(wo)(wo)可以想出(chu)一(yi)條新路(lu)線(xian)，而不(bu)是(shi)這(zhe)(zhe)1000個(ge)(ge)人中(zhong)(zhong)的任何(he)一(yi)條，而是(shi)捕捉所有這(zhe)(zhe)1000個(ge)(ge)人之間共享最多的路(lu)線(xian)建議，該模型可能比提供給我(wo)(wo)的任何(he)單個(ge)(ge)模型都(dou)更接近真實路(lu)線(xian)。最后，它(ta)可能仍然(ran)不(bu)完全(quan)準確(que)-我(wo)(wo)永遠(yuan)無法知道真實路(lu)線(xian)，除(chu)非我(wo)(wo)詢問實際執行此操作的人旅(lv)行-但(dan)這(zhe)(zhe)可能比單獨的任何(he)一(yi)條路(lu)線(xian)建議要好得(de)多。