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動物全物種基因組測序仍有很大空白
[所屬分類:行業動態] [發布時間:2021-12-8] [發布人:網站管理員2] [閱讀次數:] [返回]
動物全物種基因組測序仍有很大空白
作者：Joanna Kelley 來源：《國家科學院院刊》
山東拓普生物工程有限公司 //ljxinglong.com
近日，美國華盛頓州立大學領導的一項研究發現，目前對動物基因組進行的測序多數集中在與人類相似的動物上，研究人員警告稱，該現狀可能會忽視大量的生物多樣性和機會。相關研究結果發表于美國《國家科學院院刊》。
研究人員分析發現，近3300種動物的基因組已被測序。雖然動物物種測序工作一直在進行，但與世界上166萬種動物物種相比，這個數字還是很小的，而脊椎動物在目前的序列中占了絕大部分。數據顯示，盡管脊椎動物只代表了3.9%的動物物種，但卻占測序數據集的54%。相比之下，代表78.5%物種的節肢動物門無脊椎動物（包括昆蟲和蜘蛛），只占當前數據集的34%。
“隨著基因組數據集的迅速積累，我們會思考我們的努力在哪里，目前數據集并不是均勻分布在動物生命樹中。”研究作者、華盛頓州立大學博士后研究員Scott Hotaling認為，無脊椎動物仍然非常缺乏代表性，因為人們似乎更關心脊椎動物，即所謂的“魅力巨型動物”。
類人猿和人類擁有最接近的基因組數據，但人類基因組并不是最大的，在目前所測的動物基因組中，澳大利亞肺魚擁有最大的基因組。
“我們對自己感興趣，這未必是件壞事。”研究通訊作者、楊百翰大學助理教授Paul Frandsen表示，要開始了解整個生態系統，必須開始對更多的生物進行采樣，以獲得更清晰的了解。脊椎動物是生態系統的重要組成部分，但昆蟲和許多其他小型生物可能發揮著更重要的作用，因為它們處于食物鏈的底斷。
研究作者、華盛頓州立大學副教授Joanna Kelley還指出，目前絕大多數基因測序工作發生在發達國家，且大多數國家位于北半球，不同地區的測序工作也有特定的傾向。例如，北美國家對哺乳動物和昆蟲進行了最多的測序，歐洲國家對魚類進行了較多測序，而亞洲則對鳥類進行了較多測序。
近年來，各國家機構宣布了幾項大型的基因組測序工作，其中包括地球生物基因組計劃。該計劃設定了一個雄心勃勃的目標，在未來10年內對所有真核生物(包括動物、細菌和單細胞生物)進行測序。
截至2021年6月，已收集到3300多個動物基因組數據集。研究人員通過計算發現，以目前每天大約測序4個基因組的速度，要到3130年才能達到對所有真核生物進行測序的目標。
研究人員同時提出，促進達成該目標的一個方法是發展基礎設施，并讓更多來自南半球國家的研究人員參與其中，尤其是熱帶地區，因為熱帶地區的動物多樣性豐富。（來源：中國科學報 辛雨）
相關論文信息：//doi.org/10.1073/pnas.2109019118
作者：Joanna Kelley 來源：《國家科學院院刊》
山東拓普生物工程有限公司 //ljxinglong.com
近日，美國華盛頓州立大學領導的一項研究發現，目前對動物基因組進行的測序多數集中在與人類相似的動物上，研究人員警告稱，該現狀可能會忽視大量的生物多樣性和機會。相關研究結果發表于美國《國家科學院院刊》。
研究人員分析發現，近3300種動物的基因組已被測序。雖然動物物種測序工作一直在進行，但與世界上166萬種動物物種相比，這個數字還是很小的，而脊椎動物在目前的序列中占了絕大部分。數據顯示，盡管脊椎動物只代表了3.9%的動物物種，但卻占測序數據集的54%。相比之下，代表78.5%物種的節肢動物門無脊椎動物（包括昆蟲和蜘蛛），只占當前數據集的34%。
“隨著基因組數據集的迅速積累，我們會思考我們的努力在哪里，目前數據集并不是均勻分布在動物生命樹中。”研究作者、華盛頓州立大學博士后研究員Scott Hotaling認為，無脊椎動物仍然非常缺乏代表性，因為人們似乎更關心脊椎動物，即所謂的“魅力巨型動物”。
類人猿和人類擁有最接近的基因組數據，但人類基因組并不是最大的，在目前所測的動物基因組中，澳大利亞肺魚擁有最大的基因組。
“我們對自己感興趣，這未必是件壞事。”研究通訊作者、楊百翰大學助理教授Paul Frandsen表示，要開始了解整個生態系統，必須開始對更多的生物進行采樣，以獲得更清晰的了解。脊椎動物是生態系統的重要組成部分，但昆蟲和許多其他小型生物可能發揮著更重要的作用，因為它們處于食物鏈的底斷。
研究作者、華盛頓州立大學副教授Joanna Kelley還指出，目前絕大多數基因測序工作發生在發達國家，且大多數國家位于北半球，不同地區的測序工作也有特定的傾向。例如，北美國家對哺乳動物和昆蟲進行了最多的測序，歐洲國家對魚類進行了較多測序，而亞洲則對鳥類進行了較多測序。
近年來，各國家機構宣布了幾項大型的基因組測序工作，其中包括地球生物基因組計劃。該計劃設定了一個雄心勃勃的目標，在未來10年內對所有真核生物(包括動物、細菌和單細胞生物)進行測序。
截至2021年6月，已收集到3300多個動物基因組數據集。研究人員通過計算發現，以目前每天大約測序4個基因組的速度，要到3130年才能達到對所有真核生物進行測序的目標。
研究人員同時提出，促進達成該目標的一個方法是發展基礎設施，并讓更多來自南半球國家的研究人員參與其中，尤其是熱帶地區，因為熱帶地區的動物多樣性豐富。（來源：中國科學報 辛雨）
相關論文信息：//doi.org/10.1073/pnas.2109019118
